Несколько причин, по которым в русском языке не всегда совпадает произношение и написание морфем:

• Наличие йотированных букв в алфавите. 1 Буквы е, ё, и, ю, я в зависимости от графической позиции по отношению к другим буквам в слове могут обозначать либо один звук (одну фонему), либо два звука (две фонемы). 1 Например, йотированные буквы, расположенные на морфемных швах, делают последние «непрозрачными». 1
• Орфоэпические законы. 2 В устной речи часть смысловых звуков-фонем заменяют звуками с неполной различительной способностью, чтобы обеспечить удобство произношения. 2 Например, в безударной позиции вместо «о» слышится «а» (городской, домой, ковёр), а вместо «е» — «и» (весна, деревянный). 4
• Морфологический принцип русской орфографии. 4 В соответствии с ним соблюдается единообразие в написании морфем независимо от произношения. 4