Почему существуют слова-исключения в русском языке с чередующимися гласными?

Слова-исключения в русском языке с чередующимися гласными существуют, потому что это следствие исторических процессов в языке. 1

Некоторые чередования появились, когда в праславянском языке были долгие и краткие гласные, но со временем это явление исчезло, а его следы остались. 1 Например, чередование лаг/лож связано с тем, что в праславянском языке гласные были долгие и краткие, но со временем это явление исчезло, а его следы остались. 1

Также исключения могут возникать в результате влияния старославянского языка. 2 Например, чередование гар/гор появилось, потому что в праславянском языке были долгие и краткие гласные, а в русском их нет. 1

Таким образом, исключения встраиваются в систему правил, если посмотреть на них со стороны истории языка. 1