Слово «деревянный» относится к исключениям при написании «Н» и «НН» в прилагательных, потому что образовано не по общему правилу, а путём присоединения к основе существительного слова-описания материала, из которого оно изготовлено. 1
В общем правиле после суффиксов «-ан-», «-ян-» и «-ин-» пишется одна буква «н». 15 Но «деревянный» образован не по этому правилу: изначально слово выглядело как «деревяньный» с суффиксом «-ьн-», где «ь» был самостоятельным звуком — сверхкраткой и ударной «е». 3 Со временем звук «ь» ушёл из языка, а «-нн-» осталось. 3