Ширина синаптической щели может варьироваться в разных типах синапсов из-за особенностей механизма передачи сигнала. 1

В каждом отдельном случае ширина щели обусловлена тем, что извлечённый из пресинапса медиатор должен проходить к постсинапсу за время, которое значительно меньше частоты нервных сигналов, характерных для нейронов, образующих синапс (время прохождения медиатора от пре- к постсинаптической мембране — порядка нескольких микросекунд). 1

Например, для нейрональных синапсов ширина щели составляет 20–40 нм, а для нервно-мышечных синапсов — 50–100 нм. 2

Также на размер синаптической щели влияют свойства дендритных шипиков: они могут изменять свою геометрию, что приводит к изменению электрических свойств и диффузии между головкой шипика и дендритом. 4