Последовательность ДНК различается между двумя цепями благодаря принципу комплементарности. 12

Цепи в паре не идентичны друг другу, а сопоставимы по определённому правилу: если в первой цепи в последовательности стоит А, во второй на этом же месте — Т; если в первой Г, то во второй — Ц, и наоборот. 2

Объединяются две цепи в единую молекулу при помощи водородных связей, возникающих между азотистыми основаниями, входящими в состав нуклеотидов, образующих разные цепи. 1 Количество таких связей между разными азотистыми основаниями неодинаковое, и вследствие этого они могут соединяться только попарно: азотистое основание А одной цепи полинуклеотидов всегда связано с Т другой цепи, а Г — тремя водородными связями с азотистым основанием Ц противоположной полинуклеотидной цепочки. 1