Плейотропия может затруднять селективный отбор, потому что одна мутация в гене может оказать влияние на некоторые или все связанные с этим геном признаки. 1

Например, если плейотропный аллель определяет два различных эффекта — один благоприятный, а другой неблагоприятный, то истинная селективная ценность этого аллеля определяется путём сопоставления создаваемых им селективных преимуществ с его неблагоприятными селективными эффектами. 2 Как только неблагоприятные эффекты начинают перевешивать преимущества, отбор перестаёт благоприятствовать этому аллелю и начинает действовать против него. 2

Также плейотропия может приводить к тому, что при отборе по одному из признаков лидирует один из аллелей гена, а при отборе по другим признакам — другой аллель этого же гена. 1