Некоторые причины, по которым слова с чередующимися гласными в корне могут вызывать сложности при написании:

• Путаница с корнями. 2 Нужно внимательно проверять, какой именно перед вами корень, чтобы не путать чередующиеся с похожими, но не чередующимися. 2
• Исключения из правил. 2 Надёжнее всего искать их в справочниках по орфографии. 2
• Разнообразие правил. 2 Они имеют свойство путаться и забываться, поэтому важно запоминать их правильно. 2
• Похожесть многих слов с чередующимся корнем. 2 Они могут быть похожи друг на друга, что вызывает замешательство при написании. 2

Также правописание чередующихся гласных в корне нельзя проверять подбором однокоренных слов, а их правописание зависит от определённых условий. 4