Некоторые буквы отсутствуют в современном кыргызском алфавите из-за особенностей фонетической структуры языка. 25

Например, в начале использования латинизированного алфавита в нём не было букв ф, в, х, ж (латинские f, v, h, z). 5 Для обозначения 9 кратких гласных применялось лишь 5 букв, а фонемы ө, ү самостоятельного буквенного обозначения не имели. 5

Также в алфавите нет отдельных знаков для глубокозаднеязычных звуков [гъ] и [къ], которые обозначаются на письме буквами к и г соответственно. 24

В 1938 году вышла «Новая орфография киргизского языка», согласно которой в алфавит была введена буква Ƶ ƶ (для обозначения звука [ж] в русских заимствованиях), а буква H h была исключена. 4

В 2023 году депутат Жогорку Кенеша (парламента) Кыргызстана Нуржигит Кадырбеков предложил реформировать кыргызский алфавит, так как в нём отсутствуют звуки для правильного произношения и распознавания слов. 3