Крупные молекулы не могут свободно проходить через ядерную пору из-за небольшого размера щели в ней. 1 Из-за присутствия центральных регуляторных белков истинный размер щели составляет около 9 нм, что контролирует прохождение молекул в ядро и из него. 1 Более крупные молекулы, такие как крупные белки и нуклеиновые кислоты, не могут проходить через эти поры. 1

Однако путём активного транспорта через ядерные поры могут проходить гораздо более крупные молекулы и целые надмолекулярные комплексы. 3 Для этого на поверхности молекулы должны быть определённые последовательности ядерной локализации (участки молекулы белка), которые связываются со структурами внутри ядерных пор и позволяют молекулам быстро входить в ядро. 2

Таким образом, чем крупнее молекула, тем больше сигналов ядерной локализации требуется на её поверхности. 2