Гематоксилин называют основным красителем в гистологии, потому что он представляет собой красящее основание или его соль и окрашивает клеточные и тканевые структуры кислой природы (например: хроматин, ядра, содержащие ДНК, ядрышко, содержащие РНК). 3

Такие красители, связываясь с кислотными группами внутри клеток и в межклеточном веществе, вызывают их окрашивание. 1 Структуры, воспринимающие основные красители, называются базофильными. 1

При окраске гематоксилином клеточные ядра приобретают тёмно-синий цвет. 4