Белки с разными аминокислотными последовательностями могут образовывать идентичные вторичные структуры благодаря физическим закономерностям. 2

Сходство структур проявляется на промежуточном уровне — «мотиве укладки» белковой цепи, определяемом взаимным расположением α- и/или β-участков в глобуле. 2 Именно на этом уровне проявляется сходство белков, не связанных ни эволюционно, ни функционально. 2

Стабильность вторичной структуры обеспечивается в основном водородными связями. 45 Они обеспечивают скручивание полипептидной цепи в спиральную структуру, сообщая ей компактность и стабильность. 4

Также важную роль играют гидрофобные взаимодействия. 5 Расположение полярных и неполярных аминокислот внутри вторичной структуры позволяет максимально сократить контакт с водой и увеличить устойчивость белка. 5