Антикодон может спариваться с кодоном только частично, потому что соответствие между ними не всегда однозначное. 2

В то время как третий и второй нуклеотиды антикодона всегда строго комплементарны первому и второму нуклеотидам кодона, первый нуклеотид антикодона может связываться с разными нуклеотидами кодона. 2 Например, урацил, находящийся в антикодоне на первой позиции, может связываться либо с аденином, либо с гуанином. 2

Это объясняется тем, что конформация антикодоновой петли тРНК допускает значительную подвижность первого основания антикодона. 4 Во всех случаях неоднозначности соответствия антикодона и кодона по третьему нуклеотиду сохраняется смысл кодона, то есть не происходит замены одной аминокислоты на другую. 1