Амёба не считается отдельным царством, но относится к домену эукариот и царству простейших. 4
По данным, основанным на сравнении последовательности нуклеотидов генов рРНК, типичные амёбы располагаются на филогенетическом древе эукариот особняком, формируя самостоятельную ветвь — Amoebozoa. 5