Чистые линии животных (в первую очередь крыс и мышей) и растений играют важную роль в проведении биологических и медицинских исследований. 13

Генетическая однородность используемых учёными организмов повышает воспроизводимость результатов и снижает вероятность воздействия на результат исследования генетических различий между особями (например, в контрольной и опытной группе). 1

Также с помощью традиционной селекции и методов генной инженерии получено множество чистых линий с заданными свойствами (например, повышенной склонностью к потреблению алкоголя, высокими уровнем заболеваемости разными формами рака и т. п.), которые используются для конкретных исследований. 1

Кроме того, выведенные чистые линии обеспечивают постоянные популяции, позволяющие проводить фенотипирование признаков одних и тех же генотипов в разное время и при различных условиях окружающей среды. 4