Роль бластоцеля в развитии эмбриона заключается в том, что он увеличивает площадь поверхности эмбриона, улучшая его способность усваивать питательные вещества и кислород. 12
Также бластоцель обеспечивает миграцию клеток во время гаструляции и предотвращает преждевременное взаимодействие клеток под бластоцелем с клетками над ним. 4 Например, бластоцель предотвращает контакт растительных клеток, которым суждено стать энтодермой, с теми клетками эктодермы, которым суждено дать начало коже и нервам. 4
В ходе дальнейшего развития у некоторых животных на месте бластоцеля образуется первичная полость тела. 1 У ряда низших беспозвоночных она является основной (например, у плоских и круглых червей), а у высших беспозвоночных и позвоночных почти нацело вытесняется возникающей позже вторичной полостью тела (целомом). 5