Конъюгация имеет следующее значение для выживания популяций инфузорий в природных условиях:

• Усиливает комбинативную изменчивость. 1 Это увеличивает генетическую разнородность особей в популяции, что повышает устойчивость вида в изменяющихся условиях среды. 1
• Обновляет наследственные свойства. 2 В макронуклеусе появляются новые комбинации генов, благодаря чему популяция инфузорий со свежими генами растёт благодаря бесполому размножению. 2
• Восстанавливает способность к бесполому размножению. 3 Например, у некоторых видов Paramecium количество бесполых поколений ограничено и не превышает 350, в отсутствие конъюгации они вымирают. 3 Половой процесс восстанавливает способность к бесполому размножению. 3