Цикл Кребса функционирует следующим образом:

В митохондриях эукариот все реакции цикла протекают внутри митохондрий. 17 Образовавшиеся на разных этапах окисления органических веществ восстановительные эквиваленты НАД·Н2 и ФАД·Н2 поступают в дыхательную цепь, которая у бактерий находится в цитоплазматической мембране, а у эукариот — в мембране митохондрий. 5 В дыхательной цепи НАД·Н2 и ФАД·Н2 вновь окисляются до НАД и ФАД, а отщепившийся от них водород передаётся не менее чем через пять переносчиков на заключительный участок цепи, где соединяется с молекулярным кислородом, образуя воду. 5

В клетках бактерий реакции цикла протекают в цитоплазме. 17