Некоторые проблемы, которые возникают при изучении взаимодействия геномов разных организмов:

• Сложности с чёткой идентификацией чужеродного материала в формах с отдалённой гибридизацией и трансгенезом. 3 Для решения проблемы необходима тщательная идентификация исследуемого материала с использованием современных методов. 35
• Отсутствие системы в подходе к изучению взаимодействий генов. 35 Особенно сложно систематизировать данные при изучении проявления разных (качественных и количественных) признаков как при внутривидовой, так и при отдалённой гибридизации. 35
• Невозможность однозначно установить свойства признака на основании известных причин, если они взаимодействуют между собой. 1 Это связано с тем, что взаимодействия компонентов порождают непредсказуемые возникающие свойства. 1
• Невозможность предсказать реакцию сложной системы на внешнее воздействие. 1 Это обусловлено тем, что в случае сложных систем, к которым относится организм, невозможно вывести свойства фенотипа из структур генома и других молекулярных компонентов. 1