Преимущества использования аннотации @Configuration в Spring:

• Безопасность рефакторинга. 2 Если всё находится в классе конфигурации, то компилятор или среда разработки автоматически обновят имена пакетов при неправильном названии. 2
• Упрощение создания экземпляра контейнера. 4 Приходится работать только с одним классом, а не запоминать потенциально большое количество классов @Configuration во время построения. 4

Недостатки использования аннотации @Configuration в Spring:

• Ограничения компилятора. 4 Он накладывает ограничения на конфигурационную модель: ссылки на другие бины должны иметь допустимый языком Java синтаксис. 4
• Неоднозначность определения, где именно объявляются определения автоматически обнаруженных и связанных бинов. 4 Например, если разработчик смотрит на класс конфигурации, как узнать, где именно объявлен бин @Autowired. 4

Выбор между преимуществами и недостатками использования аннотации @Configuration зависит от конкретных требований проекта.