Некоторые преимущества метода окрашивания железным гематоксилином по Гейденгайну:

• Позволяет получить отчётливое и контрастное изображение таких структур, как ядрышки, хроматин, митохондрии, клеточные гранулы. 14
• Хорошо выявляет границы клеток и мышечные волокна. 14
• Так как раскрашивание различных элементов идёт с различной скоростью, возможно по желанию исследователя выявить нужные структуры. 3

Некоторые недостатки метода:

• Требует предварительной протравы и последующей дифференцировки. 14
• При слишком густой окраске препарат становится грязным и нечётким. 3
• Необходимо следить, чтобы не загрязнить краситель, так как после окрашивания небольшой партии препаратов его нужно отфильтровать и вновь использовать. 2