Окраска талломов водорослей зависит от наличия и соотношения различных пигментов. 2

У зелёных водорослей окраску определяет хлорофилл. 1 У представителей этой группы преобладает этот пигмент, который окрашивает хлоропласты в зелёный цвет. 1

У красных водорослей окраску таллома определяют хлорофилл, каротиноиды (жёлто-оранжевые) и фикобилины (красно-синие). 12 От их соотношения зависит окраска таллома, которая может изменяться от малиново-красной до голубовато-стальной. 2

У бурых водорослей хлоропласты бурого цвета из-за того, что помимо хлорофиллов a и c и b-каротина в них содержится избыток бурых пигментов — ксантофиллов, особенно фукоксантина. 2

У диатомовых водорослей хлоропласты окрашены в различные оттенки жёлто-бурого цвета в зависимости от набора пигментов. 2 Среди них преобладают каротин, ксантофилл и диатомин — особый пигмент из группы ксантофиллов, присутствующий только у диатомовых водорослей. 2