Основные природные враги капибар в естественной среде обитания:

• В воде — анаконды и кайманы. 1 Эти крупные рептилии обитают по всей Центральной и Южной Америке и поджидают добычу на берегах рек и других водных источников. 3
• На суше — ягуары. 13 Эти крупные кошки являются верховными хищниками во многих районах Центральной и Южной Америки и охотятся на разных животных, включая капибар. 3
• На детёнышей капибар охотятся хищные птицы, например орлы и ястребы, а также одичавшие собаки. 34

Самой лёгкой добычей для хищников становятся молодые капибары, наибольшую опасность для которых представляют дикие собаки и хищные пернатые. 2