Некоторые методы, которые используются для восстановления филогенетических рядов:

• Метод максимального правдоподобия. 1 Суть метода в поиске дерева, отвечающего максимальному значению функции правдоподобия. 1
• Метод восстановления филогенетического дерева на основе Марковских цепей со случайным выбором параметров (Марковские цепи Монте Карло). 1 Метод позволяет получить оценки достоверности не только построенного дерева, но и близких к нему вариантов. 1
• Методы, основанные на квартете. 2 Например, QNet, SuperQ и QuartetNet. 2 Они более точны, чем методы, основанные на расстоянии, поскольку квартет содержит информацию о четырёх таксонах. 2
• Метод ближайших соседей (Neighbor-Joining). 5 В качестве входных данных использует матрицу попарных расстояний между последовательностями (листьями искомого дерева). 5
• Метод максимальной экономии (Parsimony). 5 Символьно-ориентированный метод, использует множественное выравнивание последовательностей. 5