Некоторые методы, которые используются для изучения грибных сообществ в природе:

• Прямые методы. 1 Прямое микроскопирование почвы или почвенной суспензии, например, световая микроскопия, прямой подсчёт в камере Горяева, метод агаровых плёнок, микроскопирование на мембранных фильтрах, окрашивание люминесцентными красителями, сканирующая электронная микроскопия. 1
• Методы изучения микробных ассоциаций непосредственно в почве. 1 Для этого используют стёкла обрастания по Н. Г. Холодному, «Микробный пейзаж», капилляры Перфильева (педоскопы). 1
• Биохимические и молекулярно-биологические методы. 1 К ним относятся определение почвенного дыхания, ферментов, хитина, эргостерина, методы анализа ДНК в почве, иммунологический анализ. 1
• Косвенные методы. 1 К ним относятся среды для выделения грибов (естественные и синтетические, универсальные и селективные), добавки, подавляющие рост определённых групп микроорганизмов, параморфогены. 1
• Метод приманок. 2 Его используют в полевых условиях и в лаборатории для выделения грибов. 12
• Высокопроизводительное секвенирование. 5 Этот подход позволяет изучать состав и динамику микробного сообщества в особых средах обитания, в том числе в особых средах обитания, сельском хозяйстве, глубоководных отложениях. 5