Водородные связи влияют на стабильность вторичной структуры ДНК следующим образом: они образуются между комплементарными азотистыми основаниями, принадлежащими двум разным полинуклеотидным цепям. 1

Между аденином и тимином образуются две водородные связи, между гуанином и цитозином — три. 13 В результате первичная структура одной полинуклеотидной цепи молекулы ДНК комплементарна первичной структуре другой цепи. 3

Кроме того, в стабилизации вторичной структуры молекулы ДНК участвуют и стэкинг-взаимодействия. 12 Они возникают между плоскими азотистыми основаниями за счёт перекрывания p-орбиталей атомов ароматических колец азотистых оснований, расположенных стопкой друг над другом. 2