Инфузория-туфелька имеет следующее устройство:

• Тонкая эластичная оболочка покрывает инфузорию снаружи и сохраняет постоянную форму её тела. 1
• На поверхности тела расположено около 15 000 колеблющихся ресничек. 1 У основания каждой реснички лежит базальное тельце. 1 Реснички колеблются примерно 30 раз в секунду и, словно вёсла, толкают инфузорию вперёд. 1
• Между ресничками расположены мелкие веретеновидные тельца — трихоцисты, которые рассматриваются как органоиды защиты. 2 В ответ на раздражение (нагрев, столкновение с хищником, добавление в воду опасных для туфелек химических веществ) трихоцисты выстреливают — мембранный мешочек сливается с наружной мембраной, а трихоциста за тысячные доли секунды удлиняется в 8 раз. 2
• У туфельки две сократительные вакуоли в передней и задней части клетки. 2 Каждая состоит из резервуара и отходящих от него радиальных каналов. 2 Резервуар открывается наружу порой, каналы окружены сетью тонких трубочек, по которым жидкость поступает в них из цитоплазмы. 2
• У туфельки имеется два разных по строению и функциям ядра — диплоидный микронуклеус (малое ядро) округлой формы и полиплоидный макронуклеус (большое ядро) бобовидной формы. 2