Взаимодействие субстратов и ферментов в биохимических реакциях происходит в несколько стадий: 3

1. Фермент и субстрат находят друг друга. 1 Большинство биологических реакций происходит в растворах, где фермент и субстрат постоянно перемещаются друг относительно друга из-за теплового движения молекул среды. 1
2. Субстрат подходит достаточно близко к ферменту. 1 Происходит специфическое распознавание: субстрат подходит к активному центру фермента (к поверхности молекулы фермента, которая и выполняет каталитическую работу). 1 В итоге образуется комплекс «фермент-субстрат». 1
3. Фермент может изменять свою форму. 1 Это нужно, чтобы лучше подогнать себя к рельефу молекулы субстрата. 1
4. В активном центре происходит химическая реакция. 1 Например, фермент может способствовать разрыву химических связей в субстрате или, наоборот, способствовать образованию между двумя молекулами субстрата новой связи. 1
5. После того как продукты реакции покидают активный центр фермента, тот готов к взаимодействию с новой молекулой субстрата. 1

Связывание фермента с субстратом происходит благодаря ионным и водородным связям, а также благодаря гидрофобному взаимодействию. 5