Системный подход влияет на научное исследование сложных систем следующим образом:

• Рассматривает объект как определённое множество элементов, взаимосвязь которых обусловливает целостные свойства этого множества. 1 Основной акцент делается на выявлении многообразия связей и отношений, имеющих место как внутри исследуемого объекта, так и в его взаимоотношениях с внешним окружением, средой. 1
• Позволяет усматривать пробелы в знаниях о объекте, обнаруживать их неполноту, определять задачи научных исследований. 4 В отдельных случаях (путём интерполяции и экстраполяции) можно предсказывать свойства отсутствующих частей описания. 4
• Даёт возможность выдвигать гипотезы — предположения о тех или иных сторонах, свойствах, связях объектов. 4 Поток системных гипотез создаёт благоприятные возможности для объяснения объектов и процессов. 4
• Даёт возможность обнаруживать устойчивые, сущностные и неслучайные зависимости, то есть закономерности. 4

Важной особенностью системного подхода является то, что не только объект, но и сам процесс исследования выступает как сложная система, задача которой, в частности, состоит в соединении в единое целое различных моделей объекта. 1