Молекулярная масса белков определяется с помощью масс-спектрометрии следующим образом: 3

1. Проводят гидролиз индивидуальных белков с помощью набора специфических протеаз. 3
2. Измеряют с высокой точностью массы полученных пептидов. 3
3. Проводят поиск наиболее близкого к полученному экспериментально набору молекулярных масс из баз данных, содержащих все возможные теоретически продукты специфического протеолиза. 3

Также возможно получение спектров фрагментации отдельных пептидов, которые позволяют определить их точную аминокислотную последовательность. 3 По этой последовательности в базах данных можно провести идентификацию исходного белка. 3

Для ионизации белка в масс-спектрометрии используют электрораспылительную ионизацию (ESI) и лазерную десорбцию/ионизацию с матрицей (MALDI). 2