Некоторые отличия костных рыб от хрящевых с точки зрения анатомии:

• Скелет. У костных рыб он состоит из костной ткани, а у хрящевых — из хрящевой. 17
• Чешуя. У костных рыб она бывает различная: костная, роговая или отсутствует вовсе. 7 У хрящевых рыб — плакоидная. 7
• Жаберные крышки. У костных рыб они есть и закрывают жаберные щели. 7 У хрящевых рыб жаберных крышек нет, только метамерные парные щели с пассивным омыванием жабер. 7
• Плавательный пузырь. У костных рыб он есть и похож на газовый мешок, за счёт него тело рыбы не тонет в воде. 7 У хрящевых рыб плавательный пузырь отсутствует. 7
• Оплодотворение. У костных рыб оно наружное, а для хрящевых рыб характерно внутреннее оплодотворение. 7
• Положение рта. У костных рыб оно фронтальное, а у хрящевых — брюшное (рот виден только снизу). 7

С точки зрения физиологии костные рыбы характеризуются наружным способом размножения, а хрящевые рыбы — внутренним оплодотворением, то есть возможностью живорождения. 1