Кэпирование влияет на стабильность и функционирование мРНК в клетках эукариот следующим образом:

• Защищает мРНК от деградации. 12 Присутствие кэпа на 5'-конце защищает молекулы мРНК от быстрой деградации под действием экзонуклеаз. 1 Кэпсвязывающие белки блокируют доступ нуклеаз к 5'-концу мРНК. 1
• Обеспечивает инициацию трансляции. 3 Модифицированный 5'-конец обеспечивает инициацию синтеза белка, так как инициирующие триплеты AUG, GUG распознаются рибосомой только если присутствует кэп. 3
• Способствует эффективному процессингу пре-мРНК. 2 Кэп способствует экспорту мРНК из ядра и работе сплайсосомы, обеспечивающей удаление интронов. 23