Разделение на пластиды в разных видах организмов возникло в результате эндосимбиоза. 12
Считается, что пластиды возникли в результате симбиоза фототрофных прокариот — цианобактерий — с более крупными первичными эукариотическими клетками более 1 млрд лет назад. 2 Захваченные прокариоты осуществляли химические реакции, которые обеспечивали клетки хозяина источником энергии. 1 В свою очередь, прокариоты пользовались питательными веществами, содержащимися в цитоплазме клеток хозяина. 1
После того как такое сосуществование окончательно укрепилось, произошёл постепенный перенос генов из генома бактерии/органеллы, что в результате привело к современному положению, при котором большинство белков пластид кодируется генами, расположенными в ядре. 1
Затем пластиды, возникшие в результате однократного первичного симбиоза праводоросли с цианобактериями, передавались между таксонами путём вторичных или даже третичных симбиозов. 5 Таким образом, группа организмов, содержащих пластиды, не является однородной, и пластиды в разных таксонах получены ими независимо друг от друга. 5