Эндосимбиоз влияет на строение и функции ядра в клетке следующим образом:

• Строение: ядро, хлоропласты и митохондрии клеток окружены двойными мембранами, которые являются остаточными мембранами предкового бактериального эндосимбионта. 2 Все они содержат свою ДНК в центре цитоплазмы, во многом подобно бактериальным клеткам. 2
• Функции: с начального этапа эндосимбиоза большая часть процессов обмена генетической информацией между геномом каждой органеллы и ядерным геномом включала передачу функций последнему, хотя обмен может происходить и в другом направлении. 1 Большинство генов, кодирующих функции органелл, находится в ядре. 1
• Генетический материал: внушительное количество наследственного материала эндосимбионтов переместилось в ядро клетки вследствие эндосимбиотического переноса генов. 5 Ядерный геном эукариот отличается огромным разнообразием генов, полученных в том числе и от бактерий с археями. 5