Простейшие отличаются от других микроорганизмов, например бактерий, рядом особенностей:

• Строение тела. Простейшие — эукариоты, то есть в их клетке есть оформленное ядро с многослойной ядерной оболочкой, в котором хранится генетическая информация. 7 Бактерии — прокариоты, их генетическая информация не отделена от цитоплазмы и свободно плавает в ней. 7
• Питание. Бактерии могут сами синтезировать питательные вещества, то есть являются автотрофами. 8 Простейшим необходима еда извне, поэтому они являются гетеротрофами. 8
• Размножение. Бактерии размножаются путём простого деления, а простейшие — бесполым и половым путём в зависимости от условий существования. 47
• Стадии развития. В отличие от бактерий, простейшие имеют несколько разных стадий развития, часть их жизненного цикла проходит не в организме человека, а в телах других живых существ. 8