Археи отличаются от бактерий и эукариотов по ряду признаков:

• Генетический материал. 27 У прокариотов (архей и бактерий) он располагается в цитоплазме и представлен кольцевой молекулой ДНК, а у эукариотов — заключён в ядре 127.
• Органеллы. 27 У прокариотов нет мембранных органоидов, в то время как у эукариотов они есть (эндоплазматическая сеть, аппарат Гольджи, митохондрии и другие). 27
• Клеточная стенка. 47 У бактерий она из муреина, а у эукариотов — у растений из целлюлозы, у грибов из хитина, а у клеток животных нет клеточной стенки. 7
• Деление. 7 Прокариотические клетки не делятся митозом и мейозом, а эукариотические делятся. 7

Кроме того, археи отличаются от бактерий строением мембраны: у архей липиды эфирные, а у бактерий — сложноэфирные. 8