Структура белка антигена отличается наличием антигенной детерминанты — части молекулы антигена, которая оказывает иммуногенное действие и способна взаимодействовать с активным центром антитела. 1

Антигенная детерминанта образуется совокупностью аминокислотных остатков и может включать от 5–7 до 100 аминокислотных остатков. 1 Одна макромолекула белка (антигена), состоящая из нескольких сот аминокислот, может содержать много различных эпитопов (антигенных детерминант). 3

Также антигенная специфичность белка зависит от его вторичной и третичной структуры. 1 Например, замены одной-двух аминокислот в составе полипептидной цепи молекулы белка или концевых аминокислот часто достаточно для того, чтобы молекулы различались в антигенном отношении. 1