Основное отличие команд git submodule add и git clone заключается в их функциях.

git submodule add используется для добавления подмодуля в репозиторий. 15 Подмодуль позволяет включить другой Git-репозиторий как подкаталог внутри собственного репозитория. 13 Это удобно, когда нужно использовать внешние базы кода или библиотеки в проекте, не копируя их полное содержимое в свой репозиторий. 1

git clone используется для клонирования репозитория, при этом код подмодуля не копируется автоматически. 25 Для каждого подмодуля создаются пустые папки. 5 Но можно использовать опцию --recurse-submodules, чтобы клонировать репозиторий и автоматически инициализировать и обновлять его подмодули. 12

Таким образом, git submodule add предназначен для работы с подмодулями, а git clone — с клонированием репозитория в целом, но с возможностью управления подмодулями через дополнительную опцию.