Раньше слово «какао» относилось к мужскому роду из-за влияния иностранных языков, так как в некоторых из них (например, в нидерландском, немецком и французском) слово «какао» имеет мужской род. 3
Однако со временем род слова изменился на средний, так как он больше соответствует логике русского языка. 3
В современных словарях слово «какао» имеет средний род, но в старом словаре Ушакова есть вариант с мужским родом, помеченный как устаревший. 1