Основной сюжет Hollow Knight рассказывает о приключениях безымянного рыцаря в давно заброшенном королевстве насекомых Халлоунест. 23

В начале игры герой посещает город Грязьмут, который находится над руинами королевства и является недосягаемым для кошмаров, которые поглотили королевство. 23 Игрок спускается вниз, чтобы исследовать, что же произошло, и найти ответы на вопросы. 2

Большинство врагов — такие же жуки, которые потеряли свой разум, либо попали под контроль некой «Чумы». 23 По мере продвижения вглубь королевства становится всё больше понятно о связи героя и этого мира, а также о его истинном предназначении: вместить причину Чумы внутри себя, заменив своего предшественника, тем самым остановив её распространение. 23

Миссия героя — найти и убить трёх жуков, называемых Мечтателями, которые действуют как живые печати на двери храма. 1 Как только печати будут сняты, Рыцарь может встретиться лицом к лицу с источником Чумы. 1

В зависимости от действий игрока, может быть достигнуто несколько концовок. 1 Например, Рыцарь может победить заражённого Полого Рыцаря и занять его место, содержащее Чуму, или использовать предмет «Сердце Пустоты», чтобы напрямую сразиться с Чумой и победить её в Царстве Снов. 1