Основные отличия оригинальных версий Pokémon HeartGold и Pokémon SoulSilver:

• Покемоны. 24 В каждой из игр есть свои эксклюзивные виды покемонов. 2 Например, в Pokémon HeartGold доступны Mankey, Primeape, Growlithe, Arcanine, Spinarak, Ariados, Gligar, Mantine, Phanpy, Donphan, Sableye, Baltoy, Claydol, Kyogre, Mantyke, Gliscor. 4 В Pokémon SoulSilver — Vulpix, Ninetales, Meowth, Persian, Ledyba, Ledian, Teddiursa, Ursaring, Delibird, Skarmory, Mawile, Gulpin, Swalot, Groudon. 4
• Сюжет. 2 В Pokémon HeartGold по сюжету сначала нужно отправиться к Колокольной башне, а в Pokémon SoulSilver — на острова Вихля. 2

Кроме того, по мнению игроков, Pokémon SoulSilver немного сложнее, чем Pokémon HeartGold. 2