По некоторым отзывам, геймплей Prototype Remastered отличается от оригинальной игры, например, возросшей динамикой и улучшенным контролем за персонажем. 1 Также отмечается система комбинирования сил, которая позволяет эффектно расправляться с врагами. 1

Ещё одна отличительная особенность Prototype Remastered — работа в разрешении 1080p, что улучшает качество изображения по сравнению с версиями для PS3 и Xbox 360. 3