Система генерации подземных пещер в Minecraft работает следующим образом: горы создаются путём замены воздуха землёй, а пещеры — заменой земли воздухом. 1

В версии игры 1.17 была добавлена новая механика генерации пещер, в том числе водоносные слои (аквиферы). 24 В области аквиферы все пустые блоки заполняются водой, а пещеры, которые находятся внутри аквиферы, полностью заливаются водой. 2 Пещеры, высота которых выше уровня воды в аквифере, представляют собой подземные озёра. 2

Также в версии 21w06a для Java-версии игры разработчики полностью переделали систему генерации пещер. 3 Теперь в игре можно встретить пещеры, напоминающие спагетти и швейцарский сыр (речь идёт о формах, а не о том, из чего они сделаны). 3