Отличие комплексного аудита от выборочного заключается в объёме и характере проверки:

• Комплексный аудит — это всесторонняя независимая проверка объекта инвестирования или покупки, призванная оценить достоверность предоставленной о нём информации, его коммерческую привлекательность и связанные с этой сделкой предпринимательские риски. 5 В рамках комплексного аудита внимание уделяется не только бухгалтерской или налоговой отчётности, но и другой нефинансовой информации и важнейшим характеристикам изучаемой организации. 5
• Выборочный аудит предполагает изучение определённого «участка» документации, выбранного согласно стандартам аудиторской деятельности. 1 В рамках такого аудита проверке подлежит лишь малая часть необходимых отчётных документов. 2

Таким образом, комплексный аудит охватывает более широкий спектр вопросов и включает в себя анализ не только финансовых, но и других аспектов деятельности организации, в то время как выборочный аудит фокусируется на изучении конкретного участка документации.