Да, можно получить разницу, если сумма, подтверждённая налоговым органом после камеральной налоговой проверки (КНП), выше суммы, на которую подано заявление на вычет. 1

Налоговики обязаны вернуть наименьшую сумму: или ту, которая прописана как налог к возврату в декларации, или ту, которая указана в заявлении на возврат. 1 Если в заявлении указана сумма, меньшую, чем в декларации, то её и вернут. 1

В таком случае можно:

1. Дождаться возврата по первому заявлению и подать второе, но уже на разницу между возвращённой суммой и той, которая положена по декларации. 1
2. Подать новое заявление на всю сумму, которая положена. 1

Для получения детальных разъяснений о подобных расхождениях лучше обратиться непосредственно в свою налоговую. 2