Да, можно быть самозанятым и получать деньги от юридических лиц из ЕС. 1

Положения Федерального закона не предусматривают запрета на применение налога на профессиональный доход (НПД) физическими лицами, получающими доход от заказчиков из иностранных государств. 1

При этом самозанятый может работать с зарубежным заказчиком только в том случае, если он сам находится на территории РФ. 4