Да, индивидуальный предприниматель (ИП) может работать с НДС. 13

По умолчанию при регистрации в налоговой все ИП подпадают под общую систему налогообложения (ОСНО), которая предполагает уплату НДС. 2 Чтобы перестать уплачивать налог, нужно подать заявление о применении одного из спецрежимов: УСН, ПСН или налога на профессиональный доход (НПД). 1

Некоторые случаи, когда даже предприниматель на специальном режиме может платить НДС:

• ИП выставил покупателю счёт-фактуру с НДС; 1
• ИП является налоговым агентом по НДС; 1
• ИП занимается импортом. 1

Для выставления счёта с НДС ИП необходимо указать в нём сумму НДС отдельной строкой, иметь документы, подтверждающие уплату налога, и перечислять НДС в бюджет. 4