Методологический индивидуализм повлиял на развитие неоинституциональной экономики следующим образом:

• Индивиды в неоинституционализме рассматриваются как активные субъекты, способные самостоятельно принимать окончательные решения по поводу коллективных и индивидуальных действий. 1 Институты создаются под влиянием поведения и интересов конкретных индивидов, поскольку без институтов был бы полный хаос. 1
• В центре внимания неоинституционалистов оказываются отношения, складывающиеся внутри экономических организаций. 3 В то время как в неоклассической теории любые организации рассматривались просто как «чёрный ящик», внутрь которого теория, как правило, не заглядывала. 3
• Неоинституционализм сфокусировал внимание на мотивации человеческого поведения. 1 Если неоклассическая теория ориентируется на результат и изучает, как экономические агенты максимизируют выгоды, то неоинституционалистов интересует сам ход принятия решений, его условия и предпосылки. 1