Пепсин в пищевой промышленности применяется для сворачивания молока при приготовлении сыров. 12 Для этого используют как чистый пепсин, так и его состав в составе сычужной закваски. 1

Под действием химозина и пепсина расщепление полипептидных цепей казеина идёт, при этом максимальное количество белка остаётся в сгустке. 1 Для многих элитных видов сыров применяют сычужный фермент, содержащий 90–95% химозина и 5–10% пепсина. 1 Для некоторых других сыров (сулугуни, брынза) допускается использование пепсина в чистом виде. 1

Также в пищевой промышленности в качестве заменителя сычужных ферментов животного происхождения применяют мукорпепсин — протеолитический фермент, получаемый из грибов Mucor pusilus и Мucor miehei. 12