Разница между «жилищный фонд» и «жилой фонд» заключается в употреблении этих терминов:

• «Жилищный фонд» — общепринятое, закреплённое в нормативных актах, официальное терминологическое сочетание. 2 Это совокупность всех жилых помещений, находящихся на территории Российской Федерации. 14
• «Жилой фонд» допустимо в разговорной речи. 2 Словосочетание соответствует словарному значению прилагательного «жилой»: «предназначенный для жилья, проживания». 2

Таким образом, в официальной речи используется «жилищный фонд», а в разговорной — «жилой фонд». 2

С точки зрения русского языка значения слов различны: «жилищный» имеет значение «относящийся к эксплуатации, строительству, администрированию жилья», а «жилой» — «предназначенный или пригодный для проживания». 7