Разница между словами «кутёнок» и «щенок» заключается в том, что «щенок» — нормативное слово, а «кутёнок» — разговорное. 1

В словарях нормативным считается слово «щенок». 1 «Кутёнок» — это народная выдумка, предположительно образованная от древнерусского «кут» в значении «кружить, вертеть». 13

По версии лингвиста Макса Фасмера, «кутёнок» образован от междометия «куть-куть», которым изначально подзывали цыплят. 35